Hürmüz kuşatmasını kaldıran Piri Reis, donanmasıyla Basra'ya çekildi. Basra, Osmanlı kontrolündeki güvenli bir limandı; burası, yorgun ve hasar görmüş filo için bir sığınaktı. Ancak burada alınacak bir karar, Piri Reis'in sonunu hazırlayacaktı. Piri Reis, Basra'da donanmasının büyük bölümünü bıraktı ve yalnızca iki ya da üç kadırgayla Mısır'a — Süveyş'e doğru — yola çıktı. Bu kararın gerekçesi tartışmalıdır. Bazı kaynaklara göre gemilerin bakımsız ve yıpranmış olması, Portekiz donanmasının Körfez'i kapatma tehlikesi ve yaşlı denizcinin Mısır'a vararak sultana durumu bizzat anlatma isteği bu kararda etkili oldu. Ancak Osmanlı sarayı açısından bu davranış kabul edilemezdi. Bir Hint Deniz Kaptanı'nın, kendisine emanet edilen filoyu uzak bir limanda bırakıp az sayıda gemiyle ayrılması, askerî disipline aykırı görülüyordu. Donanmanın Basra'da kalması, onu Portekiz tehdidi altında savunmasız bırakıyordu. Piri Reis Mısır'a vardığında, kendisini bekleyen şey bir karşılama değil, bir suçlamaydı. Hürmüz kuşatmasının başarısızlığı, Maskat yağmasından elde edilen ganimetle ilgili dedikodular ve hepsinden önemlisi filoyu Basra'da terk etmesi, ona karşı ağır ithamlara dönüştü. Yaşlı denizcinin onlarca yıllık hizmeti, bu son seferin gölgesinde kaldı. Bir ömrü denizlere adamış, Osmanlı'ya eşsiz haritalar ve eserler bırakmış bu büyük denizci, şimdi hayatının en karanlık günlerine giriyordu. Basra'da bırakılan filo, onun aleyhine açılan davanın en ağır maddesi olacaktı.