1480'lerin başında, henüz on beş yaşlarında bir genç olan Piri, amcası Kemal Reis'in gemilerine katıldı. Bu, onun gerçek anlamda denizciliğe başlangıcıydı. Kemal Reis o yıllarda henüz resmî Osmanlı donanmasının bir mensubu değil, kendi gemileriyle Akdeniz'de faaliyet gösteren bir denizciydi — dönemin diliyle bir korsan, yani devletin onayıyla düşman gemilerine saldıran bir kaptan. Piri için amcasının gemisi, yüzen bir okuldu. Yelken donanımını, kürek düzenini, rüzgârın yönünü okumayı, yıldızlara bakarak yön bulmayı, bir kıyıyı uzaktan tanımayı burada öğrendi. Akdeniz'in kapris dolu havası, ani fırtınaları, sığlıkları ve gizli kayalıkları, genç denizciye sabırlı ve dikkatli olmayı öğretti. Her sefer, hayatta kalmanın bilgiyle mümkün olduğunu bir kez daha gösteriyordu. Bu yıllarda Piri yalnızca denizciliği değil, denizcinin dünyasını da öğrendi. Akdeniz, birbirine düşman güçlerin — Osmanlı, İspanya, Venedik, Ceneviz, Kuzey Afrika beylikleri — sürekli çatıştığı bir suydu. Bir gemi, ticaret yolunu da savaş hattını da aynı anda kat ederdi. Genç Piri, bu karmaşık dünyada hem cesareti hem de kurnazlığı bir arada kullanmayı amcasından öğrendi. Kemal Reis, yeğeninin yalnızca güçlü kollara değil, keskin bir göze ve meraklı bir zihne sahip olduğunu fark etti. Piri, gördüğü kıyıları, girdiği limanları, karşılaştığı tehlikeleri belleğine — ve büyük olasılıkla daha o yıllarda kâğıda — kaydediyordu. Bu gözlem alışkanlığı, ileride onu sıradan bir kaptandan ayıracak, haritacılığa götürecek olan tohumdu. Amca-yeğen arasındaki bu ortaklık yaklaşık otuz yıl sürecekti. Kemal Reis'in yanında geçirdiği bu uzun çıraklık, Piri Reis'in hayatının temelini attı: denizi tanıyan, savaşı bilen, gözlemi bilgiye çeviren bir denizci olarak yetişti.