1480'lerin sonu, İber Yarımadası'nda Müslüman varlığının sona erdiği sancılı bir dönemdi. Hıristiyan krallıkların ilerleyişi karşısında Endülüs daralıyor, Müslüman ve Yahudi nüfus baskı altında kalıyordu. Kemal Reis'in filosu, bu yıllarda Batı Akdeniz'de İspanya kıyılarına yönelik seferler düzenledi; Piri de bu seferlerin içindeydi. Kaynaklar, Kemal Reis'in 1487 dolaylarında Malaga'yı topa tuttuğunu ve İspanya kıyılarındaki Müslüman direnişine destek verdiğini aktarır. Piri Reis, yıllar sonra Kitab-ı Bahriye'sinde bu bölgeyi anlatırken, gördüğü kıyıları ve yaşananları ilk elden bir tanık olarak betimleyecekti. Onun coğrafya bilgisi, kitaplardan değil, doğrudan bu seferlerin güvertesinden geliyordu. 1492'de Gırnata'nın düşmesiyle Endülüs tamamen çöktü. Bunu izleyen yıllarda İspanya'dan kovulan Müslümanlar ve Yahudiler için Akdeniz, bir kurtuluş yoluna dönüştü. Kemal Reis'in gemileri, bu mültecilerin bir bölümünü İspanya kıyılarından alıp Kuzey Afrika'ya ve Osmanlı topraklarına taşıyan tahliye seferlerine katıldı. Piri Reis, bu insani görevlerin de tanığı oldu. Bu seferler, genç Piri'nin dünya görüşünü derinden etkiledi. Akdeniz'in yalnızca bir savaş alanı değil, aynı zamanda halkların kaderini belirleyen bir yol olduğunu gördü. Sürgün edilen insanların gemilere doluşması, bir uygarlığın sona erişine tanıklık etmek, ona denizin tarihteki ağırlığını öğretti. Endülüs yıllarında edindiği coğrafi bilgi, ileride çizeceği haritaların temel taşlarından biri oldu. İspanya ve Portekiz kıyıları, Cebelitarık Boğazı, Atlantik'e açılan kapı — bütün bunları Piri Reis kitaplardan değil, kendi gözleriyle tanımıştı. Bu birinci elden bilgi, onun haritalarını çağdaşlarınınkinden ayıracak en büyük üstünlüktü.