İstanbul'un fethinden sonra Fatih, önce kentin merkezinde, bugünkü İstanbul Üniversitesi'nin bulunduğu alanda bir saray yaptırdı; bu yapı sonradan 'Eski Saray' olarak anılacaktı. Ancak padişah, devletin yönetim merkezini daha görkemli ve stratejik bir noktaya taşımak istedi. 1460 yılı dolaylarında, Marmara, Boğaz ve Haliç'in birleştiği burnun ucunda, eski Bizantion akropolünün üzerinde yeni bir saray inşaatı başladı. Bu yapı, sonradan 'Topkapı Sarayı' olarak tanınacaktı. İnşaat uzun yıllara yayıldı ve sarayın ana bölümleri 1478'e doğru tamamlandı. Topkapı Sarayı, Avrupa'nın taş yığını şatolarından farklı bir anlayışla tasarlandı. Avlular, köşkler ve bahçelerden oluşan, doğayla iç içe geçmiş, alçakgönüllü görünümlü ama son derece işlevsel bir yapılar topluluğuydu. Birbirini izleyen avlular, dış dünyadan iktidarın çekirdeğine doğru kademeli bir geçiş sunuyordu. Saray, hem padişahın ikametgâhı hem devletin idari merkezi hem de bir eğitim kurumu olarak tasarlandı. Enderun mektebi burada yetenekli gençleri devlet adamı olarak yetiştirdi. Topkapı Sarayı, Fatih'in açtığı bu yoldan ilerleyerek, on dokuzuncu yüzyılın ortalarına kadar yaklaşık dört yüz yıl boyunca Osmanlı padişahlarının asıl yönetim merkezi olarak kaldı.