Konstantinopolis düşmüş olsa da, Bizans hanedanının kollarına ait topraklar hâlâ varlığını sürdürüyordu. Bunların en önemlisi, Yunanistan'ın güneyindeki Mora (Peloponnesos) Despotluğu'ydu. Burayı, ölen son imparator XI. Konstantinos'un kardeşleri Demetrios ve Thomas Palaiologos yönetiyordu; ancak iki kardeş sürekli çekişme içindeydi. 1458'de başlayan baskıların ardından Fatih, 1460 yılında Mora üzerine büyük bir sefer düzenledi. Osmanlı ordusu yarımadayı baştan başa geçti; Mistra başta olmak üzere despotluğun kaleleri ve kentleri birbiri ardına teslim oldu ya da zapt edildi. Despot Demetrios, padişaha boyun eğdi; kardeşi Thomas ise İtalya'ya kaçtı. Mora'nın alınmasıyla birlikte Bizans İmparatorluğu'nun son kıta toprakları da Osmanlı yönetimine geçti. Palaiologos hanedanının asırlarca süren hükümranlığı fiilen sona erdi. Mistra gibi, Bizans kültürünün geç dönem parlaklığını yansıtan kentler artık yeni bir devletin parçasıydı. Bu sefer, yalnızca toprak kazancı değildi; aynı zamanda Fatih'in 'Bizans mirasının tek vârisi' iddiasını pekiştiren bir adımdı. Doğu Roma'nın bütün izleri tek tek silinirken, Osmanlı padişahı kendisini bu kadim mirasın doğal devamı olarak konumlandırıyordu.