Kolejden mezun olduğu 1901 yılında Halide, eski matematik hocası, dönemin ünlü matematikçisi ve astronomu Salih Zeki Bey ile evlendi. Bu evlilikten iki oğlu — Ayetullah ve Hasan Hikmetullah Togo — dünyaya geldi. Genç Halide, bir yandan annelik yaparken bir yandan da kendi entelektüel hayatını kurmaya çalışıyordu. Salih Zeki Bey'in çalışmalarına yardım etti, bilim metinleri üzerinde onunla birlikte uğraştı. Ama Halide'nin asıl tutkusu yazıydı. Bu yıllarda kendi düşüncelerini, kadınların durumunu, eğitimi ve toplumu sorgulayan bir kalem yavaş yavaş olgunlaşıyordu. Evliliği zamanla sarsıldı. Salih Zeki Bey'in ikinci bir evlilik yapma niyeti, çok eşliliğe ve kadının ikincil konumuna karşı giderek netleşen Halide'nin dünya görüşüyle taban tabana çelişiyordu. Bu kişisel kriz, ileride romanlarının değişmez izleğine — kadının özgürlüğü ve onuru meselesine — dönüşecekti. 1910'da Halide ile Salih Zeki Bey boşandı. Halide Edib, o dönemin Osmanlı toplumunda bir kadın için hiç kolay olmayan bu kararı verdi ve kendi ayakları üzerinde durmayı seçti. Artık hem bir yazar hem de kendi hayatının yönünü kendi belirleyen bir kadın olarak yoluna devam edecekti.