Anadolu'da Osmanlı'nın önündeki en eski ve en inatçı rakip, Konya merkezli Karamanoğulları Beyliği'ydi. Selçuklu mirasının vârisi olduklarını ileri süren Karamanoğulları, yüzyıllar boyunca Osmanlı'ya karşı kâh açıktan kâh el altından mücadele etmiş, sık sık Osmanlı'nın batıdaki seferlerini fırsat bilerek doğu sınırını rahatsız etmişti. Fatih, 1468 yılında bu beyliği kesin olarak ortadan kaldırmaya karar verdi. Osmanlı ordusu Konya ve Karaman bölgesine girdi; beyliğin başkenti ve önemli kentleri Osmanlı denetimine alındı. Karamanoğulları'nın direnişi tamamen kırılamasa da, beyliğin bağımsız bir güç olma niteliği bu seferle sona erdi. Direnişi sürdüren Karaman beyleri, doğudaki Akkoyunlu hükümdarı Uzun Hasan'a sığındı. Bu durum, Osmanlı ile Akkoyunlu arasındaki gerginliği tırmandırdı ve birkaç yıl sonra büyük bir hesaplaşmaya zemin hazırladı. Yine de Karaman toprakları artık fiilen Osmanlı yönetimindeydi. Karaman'ın ilhakıyla birlikte Fatih, Anadolu'daki Türk siyasi birliğini büyük ölçüde sağlamış oldu. Yüzyıllardır beylikler arasında bölünmüş olan Anadolu, giderek tek bir devletin çatısı altında toplanıyordu. Bu birlik, imparatorluğun doğu sınırını güçlendirdi ve Fatih'e batıda ve denizlerde daha rahat hareket etme imkânı verdi.